İşbirlikçi burjuvazi içindeki güç, iktidar ve kontrgerilla savaşlarına şimdi de MGK Genel Sekreterliği krizi eklendi. MGK Genel Sekreteri Yiğit Alpogan'ın yerine atanacak isim konusunda AKP Hükümeti ile Cumhurbaşkanlığı arasındaki çekişme krize dönüştü.
Hükümet, Alpogan'ın yerine Varşova Büyükelçisi Ecvet Tezcan'ı atamak istedi. Ancak Cumhurbaşkanı Sezer, Tezcan'ı “Fettullah cemaatine yakın olduğu” gerekçesi ile reddetti. Sezer, Tezcan'ın yerine, AKP Hükümeti'nin türban konusundaki tutumu nedeniyle görevden almaya çalıştığı Berlin Büyükelçisi Mehmet Ali İrtemçelik'in atanmasını istedi. Tabii Cumhurbaşkanı'nın kontratağı da AKP Hükümeti tarafından reddedildi.
MGK'da bir uzlaşma için Tel Aviv ve Bağdat'tan dönen büyükelçiler Feridun Sinirlioğlu ve Ünal Çeviköz'ün isimleri gündeme geldi. Ancak Hükümet bu isimleri de Dışişleri Bakanlığı Müsteşar Yardımcılığı'na atayınca, MGK Genel Sekreterliği konusu iyice krize dönüştü.